5 (18) марта 1917 года исполком Петросовета постановил арестовать всю царскую семью, конфисковать их имущество и лишить гражданских прав. 

Через два дня  7 (20) марта 1917 года  в журнале заседаний Временного правительства № 10 была сделана запись: «Признать отрекшегося императора Николая II и его супругу лишёнными свободы и доставить отрекшегося Императора в Царское Село».

8 (21) марта перед отъездом в Царское село Николай II издал прощальный приказ войскам, в котором завещал «сражаться до победы». Генерал Алексеев передал этот приказ в Петроград, однако Временное правительство под давлением Петросовета отказалось публиковать его.

Царская семья прибывает в Тобольск пароходом из Тюмени, вместе с остатками свиты (45 человек)

В дороге и ссылке царь и его семья охранялись так называемым Отрядом особого назначения из 330 солдат и 7 офицеров. Командиром отряда был полковник Кобылинский. С 1 сентября 1917 по 26 января 1918 года при отряде состоял комиссар Временного Правительства, старый революционер В. С. Панкратов. Солдаты и офицеры отряда были набраны из гвардейских стрелковых полков.

Семье запретили посещать церковь, за исключением праздников, но 7 марта этот запрет был отменен.

В конце декабря Солдатский комитет постановляет 100 голосами против 80 снять у свергнутого царя погоны, что он сам воспринял, как унижение, заявив, что «этого свинства я им не забуду», и снимать погоны отказался.

В феврале 1918 солдаты, раздраженные обильным питанием царя, требуют перевести его на солдатский паек. 13 февраля комиссар Карелин постановляет оплачивать из казны только солдатский паек, отопление и освещение, а все остальное должно оплачиваться за счет заключенных, причем пользование личными капиталами было ограничено до 600 рублей в месяц.

Наследник ушибся, что вследствие его гемофилии привело к серьезным последствиям: обе его ноги распухли и были парализованы

13 апреля 1918 года Николай и Александра выехали из Тобольска, взяв с собой из своих детей только великую княжну Марию. 

В 8 часов 40 минут поезд с Царской семьей прибыл в Екатеринбург по личному приказу Свердлова, уверившего Яковлева, что Уральский областной Совет не будет предпринимать по отношению к Николаю II никаких насильственных действий.

С железнодорожной станции в Дом Ипатьева арестованные были доставлены в открытом автомобиле под конвоем «грузовика с вооруженными до зубов солдатами», как-то записала в своем дневнике Александра Федоровна.

В 1 час 30 минут ночи с 16 на 17 июля к дому Ипатьева прибыл грузовик для перевозки трупов. После этого был разбужен врач Боткин, которому сообщили о необходимости всем срочно перейти вниз в связи с тревожной ситуацией в городе и опасностью оставаться на верхнем этаже.

На сборы ушло примерно 30 — 40 минут. Семеро членов семьи: Николай Александрович, Александра Федоровна, Ольга, Татьяна, Мария, Анастасия, Алексей, а также: лейб-медик Евгений Боткин, повар Иван Харитонов, камердинер Алексей Трупп и горничная Анна Демидова, перешли в полуподвальную комнату (Алексея, который не мог идти, Николай II нес на руках).

В полуподвале не оказалось стульев, затем по просьбе Александры Федоровны были принесены два стула. На них сели Александра Федоровна и Алексей. Остальные разместились вдоль стены.

Юровский ввел расстрельную команду и зачитал приговор. Затем он отдал команду, и началась беспорядочная стрельба. Расстрельщикам не удалось сразу убить Алексея, дочерей Николая II, горничную и доктора. Кто-то из них был застрелен; уцелевших, по данным следствия, добивал штыком П. З. Ермаков.